Анализ данных
Если у вас есть набор файлов, полученных в результате метагеномного секвенирования, этот раздел для вас. Мы проводим глубокий анализ данных полученных любым существующим методом метагеномного секвенирования от ампликонного секвенирования (16S рРНК, ITs) до Shotgun, Hi-C и метатранскриптомики. Тем не менее, наиболее распространенным в России является 16S рРНК секвенирование микробиот.
Пайплайн анализа данных секвенирования 16S рРНК:
  1. После получения исходных данных в первую очередь проводится очистка от дефектных последовательностей.
  2. Далее, все полученные последовательности сравниваются с всемирными базами данных бактериальных геномов, что позволяет определить видовую принадлежность идентифицированных бактерий.
  3. Полученный список видов сравнивают с базами данных метаболического потенциала, что позволяет оценить наличие функциональных генов.
  4. Самым сложным этапом в анализе данных микробиотных проектов является оценка изменений микробиоты в динамике или в зависимости от клинических показателей. Но этот этап является ключевым, так как дает ответы на биологические вопросы являющиеся целью исследователей.

Все вышеописанные шаги реализованы нами в полностью автоматизированном варианте на нашей облачной платформе bota.knomics.ru

Результаты могут быть представлены как в виде печатного отчета, так и в виде интерактивного отчета на платформе biota.knomics.ru.

Об этапах сбора клинической аннотации биобанка и лабораторной обработке образцов вы можете узнать в следующих разделах:
Свяжитесь с нами
Мы - микробиотное CRO холдинга Atlas Biomed Group. На нашем счету более 50 выполненных научных проектов и более 100 статей.

Наша основная цель - сделать микробиомику доступной для всех. Если у вас есть предложения и пожелания - свяжитесь с нами!
О нас